Der Stiftungsrat ist das oberste Organ der Zürcher Filmstiftung. Er erlässt die Förderreglemente, legt das jährliche Förderbudget fest und wählt die Mitglieder der Fachkommissionen. Zudem formuliert er die strategischen Zielvorgaben.
Der aus vier Mitgliedern des Stiftungsrates gebildete Ausschuss (GLA) überwacht die administrative Tätigkeit der Geschäftsstelle und der Fachkommissionen. In der künstlerischen Beurteilung der eingereichten Projekte sind die Fachkommissionen jedoch vollständig unabhängig und entscheiden abschliessend. Im Falle einer Beschwerde beschränkt sich der Stiftungsrat auf die Willkürprüfung.